С другой стороны, площадь руля поворота при возросшей тяге оказалась недостаточной и пилотировать машину стало сложно. Летчики указывали: «Выходит из виража медленно и с большими нагрузками на рули… при попадании в свою струю становится неуправляемым». На посадке появилась тенденция к развороту влево. В придачу специалисты института выдвинули ряд замечаний по конструкции - от достаточно серьезных (осадка пластин амортизаторов, неудачное расположение сливных маслокранов) до выглядящего сейчас карикатурным: «Штурвалы… надо обмотать шпагатом, так как сильно холодит руки». В итоге заключение: «В серию до устранения недостатков запущен быть не может».

А серия уже стоит в Филях! И практически готовые самолеты начали дорабатывать. Руль поворота нарастили вверх, что в достаточной мере улучшило управляемость. На цилиндры двигателей одели кольца Тауненда, а индивидуальные выхлопные патрубки заменили коллекторами. Устранили и ряд мелких дефектов, вроде вибраций обтекателей амортизаторов шасси. Однако эти работы потребовали времени и, хотя к 17 декабря на заводе фактически были готовы все 10 АНТ-9, сдать удалось лишь один. Таким образом, планы выпуска самолетов провалились.

Машины с «Райтами» поступили в эксплуатацию только в феврале 1931 г. Первые самолеты попали во Всесоюзное объединение гражданского воздушного флота (ВО ГВФ) -бывший «Добролет», чуть ранее поглотивший «Укрвоздухпуть». Один из рейсов был совершен из Москвы в Тобольск. Летчик И.В.Михеев и бортмеханик Монахов отправились в Сибирь за мехами для пушного аукциона. Из Тобольска они слетали в Березово и Салехард, забрав отдельные партии товара. Это был первый рейс на обской линии, которая со следующего года стала регулярной.

В Сибири АНТ-9 летал на лыжах. Первоначально хотели спроектировать для него специальные лыжи, но ввиду перегрузки подразделений ЦАГИ этого не сделали, и машину оснастили лыжами от ТБ-1.